APROSUB se rige por un sistema de autogobierno y por el principio de representación a través de dos órganos fundamentales:
1. Asamblea general de socios: es el órgano supremo de expresión de la voluntad de los asociados, y adopta sus acuerdos por el principio mayoritario o de democracia interna. La asamblea se reunirá con carácter obligatorio una vez al año.
2. Junta Directiva: La Junta Directiva es el órgano de representación de la asociación y la que vela por que las actuaciones que se realicen estén enmarcadas en los principios y valores de la entidad. Actualmente está compuesta por de diez miembros.
Actualmente estos son sus miembros:
La Asamblea anual se celebró en las instalaciones de la Sede Social de Aprosub el 20 de Junio de 2015.
El Consejo de Dirección es el principal órgano de gestión de la entidad. En su seno se plantean las líneas de funcionamiento y toma de decisiones de acuerdo con las políticas orientadas desde la Junta Directiva. Está compuesto por la Presidencia de la entidad, Dirección Técnica, Dirección Financiera y la Dirección de los distintos centros de Aprosub.